A EMBRAPII apoia os projetos de P&D de produtos e processos inovadores nas empresas aportando recursos financeiros ou econômicos.

A proporção de recursos aportados varia caso a caso, sendo que o aporte de recursos financeiros pela EMBRAPII não poderá ultrapassar 1/3 das despesas do projeto. Os 2/3 restantes dessas despesas serão divididos entre a Unidade EMBRAPII, que somente poderá aportar recursos econômicos (horas de pesquisadores, instalações, etc.) e a empresa propositora do projeto. Em média, os recursos financeiros investidos pela empresa no projeto são da ordem de 50% do valor total.